百済の最後の王である義慈王（ぎじおう）は倭国（わこく）と同盟し、その王子の豊璋（ほうしょう）と弟の善光（ぜんこう）を人質として倭国に滞在させた。斉明天皇6年（660）に百済が滅亡した際、豊璋は倭国で実権を掌握していた中大兄皇子（なかのおおえのおうじ）から百済復興の支援を得て朝鮮半島に戻ったが、倭・百済連合軍が天智天皇2年（663）白村江（はくすきのえ）の戦いで唐・新羅連合軍に大敗し、一説によると流刑にされたという。

一方で善光（禅広）は日本にとどまり、天智天皇3年に天皇から摂津国難波（なにわ）の地を与えられた。その後、当地には百済郡が建郡され、百済からの大量の亡命者を受け入れ一大拠点を築き上げた。ここは生野区・天王寺区・東住吉区・阿倍野区にまたがる地域で、JR大阪環状線の寺田町から桃谷周辺一帯とされ、いまでも駅名などに百済の名が残っている。
善光とその一族は、百済の旧王族として優遇され、また軍事・学問に優れたため、多く上級官吏として重用された。善光は、持統天皇4年（690）に天皇から百済王の姓を与えられ百済王氏の祖となったと伝えられる。

　　
善光の4代目にあたる百済王敬福（698～766）は陸奥守に任ぜられ、聖武天皇が東大寺大仏の造立を進め、巨大な仏像に鍍金するための黄金が不足していた中、任地の陸奥国小田郡（現在の宮城県遠田郡涌谷町）から産出した金900両を献上した功績で従三位宮内卿（くないきょう）・河内守に任ぜられた。それを機会に、難波の地から河内国交野郡（現在の枚方市中宮付近）に一族と共に本拠を移したとされる。
その後、この地に百済王氏の氏寺として百済寺が造営され、古代枚方は、百済王一族が大邸宅を築き、日韓交流の拠点でもあった。
平安末期に百済寺は火災により焼失した。一方、百済王神社は社伝によると天平9年（737）の創建で、百済王氏の氏神であったとされる。現在の本殿は、文政9年（1826）に春日大社本社本殿が移築された「春日移し」である。

百済寺跡は昭和8年（1933）に国の史蹟となり、昭和27年に特別史跡に昇格した。特別史跡とは、平成22年(2010)12月現在で全国に60か所、大阪府内に「大坂城跡」と「百済寺跡」の2か所しかない貴重な文化遺産である。昭和59年10月枚方市が定めた枚方八景の一つに「百済寺跡の松風」としても選ばれている。